Сюжет игры повествует о войне людей (UNSC) и союза нескольких инопланетных рас (Covenant). Люди изо всех сил сражаются за выживание, но всё же сдают свои позиции на всех фронтах. Последней надеждой в этих условиях стал проект SPARTAN-II — программа создания людей со сверхспособностями, которые стали самым эффективным оружием в борьбе с пришельцами...